論文の概要: Conditioned free-energy density of proteins using unbalanced solutions to constraint satisfaction problems

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2606.01329v1
• Date: Sun, 31 May 2026 16:31:16 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-06-02 21:34:29.590156
• Title: Conditioned free-energy density of proteins using unbalanced solutions to constraint satisfaction problems
• Title（参考訳）: 制約満足度問題に対する不均衡解を用いたタンパク質の条件付き自由エネルギー密度
• Authors: Pratik Worah, Subhash Khot, Srinivasa Varadhan,
• Abstract要約: 条件付き不均一Curie-We-issスピンの対数分割関数(自由エネルギー)の計算は、不均衡な2〜1ドルノルムに減少し、この問題に対する新しいアルゴリズムを設計することを示す。 ユビキチンタンパク質に適用されたこのフレームワークは、既知の結晶構造から始まり、代替のバックボーンを探索し、タンパク質の柔軟な領域を同定する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.4146420810689422
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: We show that computing the log-partition function (free-energy) of conditioned inhomogeneous Curie--Weiss spin Hamiltonians reduces to an unbalanced $2 \to 1$ norm computation, and design a polynomial-time SDP algorithm for this problem with a lower bound proof for the amount of unbalance achieved. Applied to the protein Ubiquitin, the framework starts from a known crystal structure, explores alternative backbone conformations across the free-energy landscape, and identifies flexible regions of the protein while preserving its native secondary structure.
• Abstract（参考訳）: 条件付き不均一なキュリー-ワイススピンハミルトニアンの対数分割関数(自由エネルギー)の計算は、不均衡な2ドルから1ドル標準計算に還元され、この問題に対する多項式時間SDPアルゴリズムを、不均衡の量に対する低い境界証明で設計することを示した。 ユビキチンタンパク質に適用されたこのフレームワークは、既知の結晶構造から始まり、自由エネルギーの風景にまたがる代替のバックボーン構造を探究し、その二次構造を保存しながらタンパク質の柔軟な領域を同定する。

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