論文の概要: TRENDy: Temporal Regression of Effective Non-linear Dynamics
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2412.03496v1
- Date: Wed, 04 Dec 2024 17:36:47 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2024-12-05 15:06:42.019140
- Title: TRENDy: Temporal Regression of Effective Non-linear Dynamics
- Title(参考訳): TRENDY: 有効非線形ダイナミクスの時間回帰
- Authors: Matthew Ricci, Guy Pelc, Zoe Piran, Noa Moriel, Mor Nitzan,
- Abstract要約: TRENDyは、低次元空間学習に対する方程式のないアプローチである。
我々はTRENDyをトレーニングし、物理科学と生命科学のあらゆる分野から、合成データと実データの効果的なダイナミクスを予測する。
我々は、我々のフレームワークが空間の見えない領域においてチューリングとホップの分岐の両方を自動的に見つけられるかを示す。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 4.264200809234798
- License:
- Abstract: Spatiotemporal dynamics pervade the natural sciences, from the morphogen dynamics underlying patterning in animal pigmentation to the protein waves controlling cell division. A central challenge lies in understanding how controllable parameters induce qualitative changes in system behavior called bifurcations. This endeavor is made particularly difficult in realistic settings where governing partial differential equations (PDEs) are unknown and data is limited and noisy. To address this challenge, we propose TRENDy (Temporal Regression of Effective Nonlinear Dynamics), an equation-free approach to learning low-dimensional, predictive models of spatiotemporal dynamics. Following classical work in spatial coarse-graining, TRENDy first maps input data to a low-dimensional space of effective dynamics via a cascade of multiscale filtering operations. Our key insight is the recognition that these effective dynamics can be fit by a neural ordinary differential equation (NODE) having the same parameter space as the input PDE. The preceding filtering operations strongly regularize the phase space of the NODE, making TRENDy significantly more robust to noise compared to existing methods. We train TRENDy to predict the effective dynamics of synthetic and real data representing dynamics from across the physical and life sciences. We then demonstrate how our framework can automatically locate both Turing and Hopf bifurcations in unseen regions of parameter space. We finally apply our method to the analysis of spatial patterning of the ocellated lizard through development. We found that TRENDy's effective state not only accurately predicts spatial changes over time but also identifies distinct pattern features unique to different anatomical regions, highlighting the potential influence of surface geometry on reaction-diffusion mechanisms and their role in driving spatially varying pattern dynamics.
- Abstract(参考訳): 時空間力学は、動物色素のパターン形成の基礎となるモルフォゲンダイナミクスから、細胞分裂を制御するタンパク質波まで、自然科学に浸透する。
中心的な課題は、制御可能なパラメータがビフルケーションと呼ばれるシステムの振る舞いの質的な変化をいかに引き起こすかを理解することである。
この取り組みは、偏微分方程式(PDE)が未知であり、データが制限されノイズの多い現実的な環境では特に困難である。
この課題に対処するために、時空間力学の低次元予測モデルを学ぶための方程式のないアプローチであるTRENDy(Temporal Regression of Effective nonlinear Dynamics)を提案する。
空間粗粒化の古典的な研究に続いて、TRENDyは入力データをマルチスケールフィルタリング操作のカスケードを介して、実効力学の低次元空間にマッピングする。
我々の重要な洞察は、これらの効果的な力学は入力PDEと同じパラメータ空間を持つニューラル常微分方程式(NODE)に適合する、という認識である。
前のフィルタリング操作はNODEの位相空間を強く規則化し、TRENDyは既存の手法に比べてノイズに強い。
我々はTRENDyをトレーニングし、物理科学と生命科学のあらゆる分野から、合成データと実データの効果的なダイナミクスを予測する。
次に、我々のフレームワークがパラメータ空間の見えない領域でチューリングとホップの分岐を自動的に見つけ出す方法を示す。
本手法は,オセル化トカゲの空間的パターン解析にようやく適用された。
TRENDyの有効状態は時間とともに空間変化を正確に予測するだけでなく、異なる解剖学的領域に特有のパターンの特徴を識別し、表面形状が反応拡散機構に与える影響と空間変化パターンの運動におけるその役割を強調した。
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